化工工程系是我校重点发展建设的系部之一，专业设置紧密围绕菏泽周边县区化工企业需求，现开设化工工艺、化学分析与检验、化工仪表、化工机械维修四个高级班专业，化工工艺中级班（春季高考），其中化学分析与检验、化工工艺先后被评为市级重点专业。
化工工程系现有专业教师35人，其中研究生5人、本科学历30人、技师25人、高级技师20人，有7位教师参加了全国职业院校骨干教师国家级的培训。有10位老师先后参加了山东省技能兴鲁大赛暨化工行业化工总控工、化学检验工的比赛，张根峰老师、王国敬老师在第六届第七届的比赛中取得职工组个人二等奖、三等奖的好成绩。全部老师参加了无机化学实验室、有机化学实验室、分析仪器实训室、化工仿真实训室、精馏、传热、流化床干燥、吸收解析、管路拆装等实训室的建设。部分实验、实训室已成为全县重点项目并被山东省指定为化工总控工、化学检验工“金蓝领”技师、高级技师培训考核基地。
教学过程中突出技能培养特色，注重一体化教学，把传统的以传授知识为主转变为以技能培养为主，提高学生的实际操作能力，培养符合化工企业需求的复合型人才。积极开展教学研究，有部分教师参与了人社部组织的全国技工院校化工工艺专业一体化课程《化工设备常见异常现象的判断与处理》和《化工工艺操作员工作指导与技术培训课程标准》两门课程的开发，目前已完成《化工设备常见异常现象的判断与处理》工作页的编写。许多教师在省市举办的课件制作、教案评比中获得优异成绩，多位教师荣获省市优秀教师、教学能手称号，有多篇教研和科研论文在国家级刊物上发表。
化工工程系紧紧围绕周边企业积极开展校企合作，先后与东明石化、东明玉皇化工签订定向培养协议、毕业后的学生先后到东明石化、玉皇化工、菏泽易达利化工、方明化工、盐城博汇集团、鄄城鼎泰化工等石油化工、盐化工、煤化工、精细化工企业进行工作。并为企业的发展做出了巨大的贡献。
